使用病毒载体的危险性主要有以下几个考虑因素：

1)是否能重组产生致病性病毒;

2)是否具备复制能力;

3)是否能整合，并导致癌基因激活或者抑癌基因失活;

4)免疫原性。

我们所使用的病毒载体，全部经过改造，去除了致病性元件和复制功能区，因此重组产生功能性病毒的概率极低。虽然慢病毒具有整合能力，但是我们去除了其3’LTR内的激活元件，排除了其激活下游基因的能力。因此，这些病毒载体用于体外和动物实验，对使用者而言都具有极高的安全性。尽管如此，我们建议，使用病毒载体进行细胞或动物实验时，需要遵循标准废弃病毒载体操作流程。

一部分病毒(腺病毒和腺相关病毒载体)，其整合几率低，因此安全性高。有的病毒载体，比如腺相关病毒载体，目前被认为是安全性非常高的一类基因治疗载体，应用前景非常乐观。